علاوة على ذلك تعمل هذه الأنظمة المحاسبية الآلية على الحماية من كافة التهديدات الأمنية المتعلقة بالتطفل وسرقة المعلومات من خلال تفعيل كلمات المرور وغيرها من الاجراءات الالكترونية المتعلقة بأمن وحماية المعلومات، كما أنها تعمل بنظام النسخ الاحتياطي والذي يمكن من خلال استعادة الملفات والبيانات مهما مر عليها من الزمن 

تعتبر المحاسبة الالكترونية هي الوسيلة المثالية لأداء المهام المحاسبية المختلفة في أسرع وقت وبأعلى مستوى من الكفاءة، ويمكن من خلالها أنظمتها المتنوعة إنشاء المزيد من الكشوف والتقارير والتحليلات المحاسبية فقط بضغطة زر، وكذلك تجميع البيانات وإدخالها مرة واحدة إلى النظام.

توفير التقارير اللازمة: تُمكن هذه الأنظمة الإلكترونية من إنشاء التقارير المُحاسبية كدفتر النقديةوميزان المُراجعة وغيرها من البيانات المالية التي يُمكن الوُصول إليها بسهولة، مما يُسهم في إدارة الوقت الفعلي ومُراقبة الأعمال والتحكم فيها.[٥]

إدخال أنظمة وبرامج المحاسبة الالكترونية ساهم في التخلص من العمليات المحاسبية اليدوية والمعقدة، والتي كانت تسبب الشعور بالملل والرتابة للمحاسبين والمسؤولين المعنيين في مجال المحاسبة، وتتمثل أهمية المحاسبة الالكترونية في هدفها الأساسى على القضاء بشكل نهائي على طرق المحاسبة التقليدية، ومواكبة التطور التكنولوجي وتحديثاته المستمرة بالتطبيق الأمثل على العمل المحاسبي وشؤونه.

المحاسبة الإلكترونية تمثل تطورًا مهمًا في مجال المحاسبة، إذ تتميز بمجموعة من المميزات الفريدة والفوائد الهائلة التي تقدمها للمستخدمين، ومع ذلك، فإنها تأتي أيضًا مع بعض العيوب التي يجب مراعاتها، وهذا توضيح للمميزات والعيوب التي تقدمها المحاسبة الإلكترونية:

لذا فإنه لا بُد من الأخذ بعين الاعتبار الدور الهام الذي تلعبه المُحاسبة الإلكترونية كونها تُمثل دورًا هامًا في الرقابة نظرًا للكفاءة والشفافية التي تُتيحها كما أن جميع المعلومات والبيانات ستكون مُتاحة لمن يحتاج للاطلاع عليها والتدقيق فيها والبحث عن أوجه الفساد التي رُبما ستكون موجودة، وبالتالي يُمكن التقليص من الفساد المالي باستخدام المُحاسبة الإلكترونية. المراجع[+]

الاحتمال الوحيد لعمل نسخ احتياطية في المحاسبة التقليدية هو تكرار كتابة المعاملات الحسابية والتقارير، وهو اختلاف آخر بين المحاسبة اليدوية والإلكترونية، في المقابل، على الجانب الآخر يمكن إجراء هذه العملية على الفور في المحاسبة الإلكترونية. 

يمنح التعامل بنظام المحاسبة الإلكترونية الأمان لصاحب العمل، والمحاسبين، وطالبين الخدمة، حيث تكون البيانات المالية والمحاسبية محفوظة على الموقع الإلكتروني بالإضافة لوجود نسخ احتياطية لهذه البيانات، حيث يقوم صاحب البيانات بتحديد من يمكنه الوصول إليها لتحقيق المزيد من الأمان.

تنفذ المحاسبة الإلكترونية جميع المعاملات المحاسبية مثل التقارير المالية والتسويات المصرفية وحسابات التكاليف وغيرها، كل هذا وأكثر تحققه البرامج المحاسبية الإلكترونية بشكل يرضي كلاً من المحاسب وصاحب العمل عن طريق تسهيل عمل الأول والتخلص من صعوبة المهام المحاسبية المختلفة من خلال أتمتتها، وحصول الأخر (صاحب العمل) على صورة كاملة عن الوضع المالي لنشاطه بتكلفة أقل ووقت أسرع ونتائج أدق. 

تتسم المحاسبة الإلكترونية بمجموعة من العيوب والمزايا في نفس الوقت، لذا يجب على صاحب العمل أو مستخدم الأنظمة المحاسبية الالكترونية تحقيق أكبر استفادة من مميزاتها، والانتباه إلى سلبيتها للسيطرة عليها وتجنبها بحلول أخرى، فيما يلي أهم الامارات ايجابيات وسلبيات المحاسبة الالكترونية:-

أما بالنسبة لأمن البيانات في المحاسبة الإلكترونية، فهو أفضل من المحاسبة التقليدية، حيث لا تتعرض البيانات للفقد، كما أنه من السهل إيجادها في أي وقت وبأسهل طريقة بحث، فهي العنصر الأكثر أمانا في حفظ البيانات لأنها تحتفظ بأكثر من نسخة احتياطية، كما يمكن تحديث بياناتها باستمرار، مما يجعلها من أفضل المزايا.

اتخاذ قرارات سريعة: يمكن للمحاسبة الإلكترونية توفير البيانات والتقارير بشكل فوري، مما يمكن إدارة الشركات من اتخاذ قرارات سريعة ومستنيرة استنادًا إلى معلومات دقيقة وموثوقة.

تأخذ أنظمة المحاسبة الإلكترونية في اعتبارها القوانين والتشريعات والمعايير الدولية المحاسبية المطبقة في البلدان عند أداء العمليات المحاسبية المتعلقة بالضرائب و الإيرادات و المصروفات والفواتير، وتعتبر المحاسبة الإلكترونية من أكثر السُبل الفعالة لتجنب مخاطر الانتهاكات والعقوبات القانونية في المجال المحاسبي والتي تترتب على القضايا والجرائم المالية مثل التهرب الضريبي، وجرائم غسيل الأموال، نور وجرائم النصب والاحتيال والتزوير المالي والاختلاس وغيرها.

وجود مشرف متخصص في النظام الجديد يُساعد في تقديم الإرشادات وحل المشكلات بشكل فوري.